Comment la flore intestinale se rétablit après la prise d’antibiotiques ?

Malheureusement, une thérapie aux antibiotiques détruit également une grande partie des bactéries utiles dans l’intestin. Une équipe internationale de chercheurs a maintenant étudié si et comment la flore intestinale se rétablit après la prise de l’antibiotique ? Et quel est l’effet antibiotique flore intestinale ?

Pour quoi prendre des antibiotiques ?

Des milliards de bactéries utiles se cavident dans l’intestin humain. On estime approximativement qu’il y a autant de bactéries dans l’intestin d’une seule personne qu’il y a de personnes sur terre. Les germes sont presque toujours au service du bien-être de leur hôte. Ils aident à digérer les aliments, à produire des vitamines et à former le système immunitaire. De plus, leur seule présence protège contre les congénères pathogènes. Mais le microcosme de l’intestin, le microbiome, est une structure susceptible d’être perturbée. “Si elle se déséquilibre, les infections, l’obésité et le diabète ainsi que les maladies inflammatoires et neurologiques menacent”, prévient le Dr Sofia Forslund, qui étudie les interactions complexes entre l’homme et le microbiome au Centre Max Delbrück de médecine moléculaire (MDC) à Berlin.

L’ffet antibiotique sur la flore intestinale

Pour l’étude, l’équipe autour du chercheur du MDC et deux scientifiques de l’université de Copenhague ont administré un cocktail de trois antibiotiques à douze jeunes hommes en bonne santé qui avaient accepté de participer à l’étude sur une période de quatre jours : le méropénem, la gentamicine et la vancomycine. Ces médicaments sont généralement utilisés lorsque des antibiotiques plus courants ne sont plus efficaces parce que les bactéries y sont déjà devenues insensibles (résistantes).

Les chercheurs ont ensuite examiné le microbiome de leurs sujets pendant six mois. En utilisant le séquençage de l’ADN, ils ont déterminé quels types de bactéries étaient présents dans les intestins des hommes et quels gènes étaient présents dans les bactéries. L’équipe a porté une attention particulière aux gènes de résistance avec lesquels les bactéries se défendent contre les médicaments. “Notre étude est probablement la première à étudier l’influence des antibiotiques sur les gènes des bactéries”, déclare M. Forslund.

Le rétablissement de la flore intestinale après la prise des antibiotiques

Tout d’abord, il a été démontré que l’intestin n’est pas devenu complètement stérile malgré l’administration de trois antibiotiques très efficaces, rapporte le chercheur. Parmi les bactéries restantes, l’équipe a même découvert des espèces jusqu’alors inconnues et pas encore caractérisées. D’autres germes ont rétréci et se sont transformés en spores – une forme de vie dans laquelle les bactéries peuvent rester dans de mauvaises conditions pendant de nombreuses années sans perdre leurs propriétés d’origine.

La recolonisation ultérieure de l’intestin s’est faite par étapes. “Cela ressemble beaucoup à la lente reprise d’une forêt après un incendie”, rapporte Forslund. Au début, cependant, des bactéries aux propriétés pathogènes, telles que Enterococcus faecalis et Fusobacterium nucleatum, sont apparues en grand nombre. En même temps, l’équipe a pu identifier de nombreux facteurs de virulence dans les microorganismes – structures et produits métaboliques qui sont plus susceptibles de nuire à l’homme. “Cette observation explique bien pourquoi la plupart des antibiotiques provoquent des troubles gastro-intestinaux”, déclare M. Forslund.

Avec le temps, la flore intestinale est revenue à la normale. Les mauvais germes ont été de plus en plus remplacés par de bonnes bactéries telles que les bifidobactéries productrices d’acide lactique, qui éloignent les agents pathogènes. Au bout de six mois, le microbiome des personnes testées était presque revenu à l’ancien. Cependant, ce ne sont pas seulement quelques-unes des espèces qui existaient auparavant qui ont disparu. “Comme prévu, le nombre de gènes de résistance avait également augmenté dans les bactéries”, rapporte M. Forslund. Il est toutefois surprenant de constater que les espèces de bactéries qui sont apparues le plus rapidement après l’administration d’antibiotiques n’avaient pas le plus de gènes de résistance. “Il semble que ces gènes jouent un rôle à assez long terme dans la recolonisation de l’intestin”, explique le chercheur.

En raison de la perte apparemment permanente d’espèces individuelles et du nombre accru de gènes de résistance, l’étude montre une fois de plus combien il est important d’administrer les antibiotiques avec prudence, souligne M. Forslund. En outre, il est nécessaire d’étudier plus avant comment il pourrait être possible de mieux protéger le microbiome sensible des dommages causés par les antibiotiques à l’avenir.

Rédigé par :  Jean-Jacques Perrut